Nel 1926 comincia i suoi studi di medicina presso l'Università del Cile a Santiago, dove diventa uno dei leader degli studenti di sinistra che si oppongono alla dittatura di Carlos Ibañez. Nel 1930 è vice-presidente della federazione studentesca e poco dopo viene espulso dall'università per la sua attività politica. In seguito viene riammesso in ragione dei suoi voti eccellenti e anche perché, nel frattempo la dittatura è caduta.
Nel 1932 si laurea medico chirurgo e torna a Valparaíso per stare vicino al padre molto malato. In giugno viene proclamata la repubblica socialista che avrà però vita breve. Il governo di restaurazione scatena la persecuzione contro i progressisti e Allende viene incarcerato per alcuni mesi, durante i quali muore il padre. Salvador giura sulla sua tomba che spenderà la propria vita per la libertà del Cile.
Nel 1933 ottiene un posto di medico legale e partecipa alla fondazione del Partito Socialista Cileno. Scrive con il collega José Vizcarra un libro-inchiesta sulla struttura sanitaria cilena. Nel 1935 diventa dirigente dell'Associazione Medica Chilena e fonda il Bollettino Medico del Cile. Gli ultimi sei mesi dell'anno li passa in carcere a Calama per attività politica di opposizione al presidente conservatore Arturo Alessandri.
Nel 1936 participa alla creazione del Fronte Popolare, e assume la carica di presidente provinciale del Fronte a Valparaiso.
Nel 1937 viene eletto deputato al parlamento e l'anno dopo organizza la campagna presidenziale per il candidato del Fronte Popolare Pedro Aguirre Cerda che vince. Nel nuovo governo che si forma nel 1939 Allende è nominato ministro della Sanità, Previdenza e Assistenza Sociale, incarico che mantiene per due anni. Nello stesso anno scrive il suo libro più famoso: “La realtà medico sociale del Cile”.
Il 16 settembre 1940 sposa Hortencia Bussi Soto, professoressa di storia, dalla quale ha tre figlie: Beatriz, Isabel (omonima della scrittrice che invece è nipote di Salvador) e Carmen Paz.
Nel 1942 diventa segretario generale del Partito Socialista.
Nel 1945 viene eletto per la prima volta senatore, carica che gli verrà rinnovata in tutte le successive elezioni (in collegi diversi) fino a quando si dimetterà per assumere la carica di Presidente della Repubblica.
Nel 1947, alla scissione del partito, entra nel Partito Socialista Popolare. Al Senato conduce una battaglia contro la Legge per la Difesa Permanente della Democrazia, ricordata ancora oggi col nome di “ley maldita”. Nel 1949 viene eletto presidente dell'Ordine dei Medici.
Nel 1951, quando il P.S.P. propone la candidatura alla presidenza dell'ex-dittatore Carlos Ibañez, Allende ritorna nel Partito Socialista Cileno. L'anno dopo lavora intensamente per costituire il Fronte del Popolo, alleanza che comprende anche il Partito Comunista. Viene candidato alla presidenza e ottiene il 5,4% dei voti.
In questo periodo viaggia molto in Europa e in tutto il continente americano. Viene eletto vice-presidente del Senato. Nello stesso periodo le divisioni nella sinistra sembrano ricomporsi e si costituisce un Fronte di Azione Popular per il quale si presenta alle elezioni presidenziali del 1958, contro il candidato di destra Jorge Alessandri, sfiorando la vittoria che sfugge a causa di una candidatura di disturbo che devia la manciata di voti mancanti.
Nel 1960 Allende svolge intensa attività in favore dei minatori in sciopero e delle popolazioni colpite da una serie di terremoti.
Nel 1964 si ripresenta alle presidenziali e ottiene il 38,9%. Vince il democristiano Eduardo Frei Montalva, grazie ai voti gentilmente offertigli dalla destra.
Occorre una svolta. Tra le tre principali opzioni politiche – sinistra, centro democristiano e destra reazionaria – la prima è quella che in tutti quegli anni riscuote il consenso della maggior parte della popolazione cilena. Eppure per le divisioni interne, per alcune scelte sciagurate (vedi la candidatura di Carlos Ibañez), per le collusioni tra democristiani e destra, per le manovre operate dalle grandi industrie cilene e statunitensi che temono le nazionalizzazioni e le politiche a favore dei lavoratori propugnate da Allende, tale consenso non riesce a concretizzarsi. Durante gli anni della presidenza Frei si costituisce un'alleanza ampia di socialisti, comunisti e radicali (Unidad Popular) che alle elezioni del 1970 presenta la quarta candidatura di Salvador Allende.
Il 4 settembre 1970 Allende ottiene il 36,6% dei voti, davanti ad Alessandri e al democristiano Radomiro Tomic. Poiché nessun candidato raggiunge la maggioranza assoluta, spetta al parlamento votare la presidenza. La destra propone ai democristiani di votare per Alessandri, promettendo le sue immediate dimissioni e quindi la ripetizione delle elezioni con l'appoggio a Frei da parte della destra. La manovra fallisce perché Tomic non ci sta. Il parlamento vota secondo gli orientamenti (e il mandato popolare) dei deputati e Allende è proclamato presidente con 153 voti contro 35.
Nei giorni in cui il parlamento prende la decisione si verifica un tentativo di destabilizzazione con l'assassinio del comandante in capo dell'esercito René Schneider.
Il 3 novembre 1970 Allende assume la presidenza del Cile e mostra subito che le sue non erano solo promesse. Un mese dopo le miniere di carbone passano sotto la proprietà dello Stato. L'effetto sulla popolazione è grande e nel marzo 1971 Unidad Popular stravince le elezioni municipali. L'11 luglio (definito in seguito “Giorno della Dignità”) le miniere di rame, maggiore risorsa per il Cile, tornano dopo tanti anni ad essere proprietà statale. L'autorità di controllo stabilisce che le imprese multinazionali americane, che a lungo hanno incamerato le ricchezze prodotte nelle miniere, non possono aspirare ad alcun indennizzo, avendo lucrato ben oltre ogni limite sulle risorse di uno stato sovrano. Questo scatena l'odio da parte di chi, per interesse diretto o ideologico, agisce politicamente dalla parte dei grandi potentati economici. Lo stesso presidente degli USA Richard Nixon apostrofa Allende con un epiteto degno di uno scaricatore di porto (con tutto il rispetto per questa categoria di onesti lavoratori) piuttosto che dell'inquilino della Casa Bianca.
Le forze politiche della destra si coalizzano con parte dei democristiani (Eduardo Frei in testa) per sabotare il governo di Unidad Popular. Finché erano riusciti a spartirsi il potere si erano mostrati – almeno a parole – rispettosi della democrazia e del volere dei cittadini, salvo di tanto in tanto incarcerare alcuni degli oppositori per il solo fatto di essere – appunto – oppositori. Ora che un presidente, eletto secondo le regole democratiche dettate dalla Costituzione, inizia a mettere in pratica il programma per il quale ha ottenuto la fiducia della maggioranza relativa dei cittadini e della stragrande maggioranza del parlamento, gettano la maschera.
Vengono costituiti falsi sindacati e comitati civici formati da esponenti che in passato ben poco si erano curati dei bisogni dei cittadini. Il governo degli Stati Uniti alza barriere commerciali (alla faccia del libero commercio) e pratica un boicottaggio delle merci cilene, dimostrando ancora una volta di tenere molto di più agli interessi delle grandi compagnie che a quelli degli elettori.
Nell'esercito cileno si diffondono teorie autoritarie (come se ancora ce ne fosse bisogno) e alcuni generali sentono l'improvviso bisogno di aggiornarsi presso l'Accademia militare di West Point. Si verificano inoltre alcuni misteriosi (?) attentati.
Intanto Allende prosegue nella sua opera, estendendo l'assistenza sanitaria, secondo i principi enunciati nel suo libro, migliorando le condizioni economiche dei lavoratori e dando anche impulso alla cultura. È in quei tempi, ad esempio, che si diffonde in tutto il mondo la “Nueva canciòn chilena” di Victor Jara, degli Inti-Illimani e dei Quilapayun. La situazione diventa singolare. Mentre cresce il consenso dalla popolazione, contemporaneamente si moltiplicano gli attacchi verso il governo e le accuse di mancanza di democrazia. Ricordiamo che persino in Italia – soprattutto in un canale radiofonico il cui direttore, anni dopo, risulta iscritto alla loggia massonica P2 – Allende viene descritto come un dittatore, omettendo volutamente che si tratta invece di un presidente regolarmente eletto.
Il 4 dicembre 1972 Allende si presenta all'Assemblea delle Nazioni Unite dove tiene un discorso accorato per denunciare i problemi che assillano il Cile e le aggressioni portate dall'esterno. Alla fine del discorso la maggioranza dei delegati presenti si alza in piedi applaudendo a lungo.
Nel marzo del 1973 le elezioni parlamentari sanciscono la vittoria di Unidad Popular. Ormai il popolo cileno è inequivocabilmente dalla parte del governo. L'opposizione, che puntava ad un ribaltamento delle forze per destituire Allende, si trova in difficoltà, con un numero ancora più ristretto di rappresentanti. Poco dopo iniziano scioperi orchestrati apposta per colpire l'amministrazione dello stato. I trasportatori lasciano senza rifornimenti le città. Nell'esercito cominciano a serpeggiare voglie di protagonismo e si ingigantiscono le ambizioni di ufficiali che aspirano a posizioni dominanti.
La situazione si deteriora fino a giungere al fatidico 11 settembre, quando dapprima la marina e l'aviazione, e subito dopo l'esercito si sollevano innescando un colpo di stato. Il generale Augusto Pinochet, da poco nominato comandante in capo dell'esercito da Allende, tradisce la fiducia ricevuta e il giuramento di fedeltà alla Costituzione e alle leggi dello stato ordinando l'attacco al palazzo presidenziale della Moneda. Allende si rivolge per l'ultima volta al popolo cileno attraverso un'emittente radio che viene bombardata per far tacere quella voce.
Nel primo pomeriggio, quando le ultime difese stanno per cadere e il trionfo degli assassini è ormai imminente, Allende si suicida con l'arma che portava per difesa personale.
I giorni che seguono sono l'apoteosi dell'infamia e del crimine. Migliaia di persone, compresi diversi giornalisti stranieri, sono portate allo stadio di Santiago. Molte di loro vengono torturate e uccise. A Victor Jara, colpevole di avere espresso con la sua musica le aspirazioni del popolo cileno, vengono strappate le unghie, amputate le mani e infine viene crivellato di pallottole.
Comincia così una delle più sanguinose dittature del secondo Novecento.